Согласно действующим положениям АПК РФ, оспаривание отказа в государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей относится к исключительной компетенции арбитражных судов.
Статья 27. Споры, относящиеся к компетенции арбитражных судов
…6. Независимо от того, являются ли участниками правоотношений, из которых возникли спор или требование, юридические лица, индивидуальные предприниматели или иные организации и граждане, арбитражные суды рассматривают дела:
1) о несостоятельности (банкротстве);
2) по спорам, указанным в статье 225.1 настоящего Кодекса;
3) по спорам об отказе в государственной регистрации, уклонении от государственной регистрации юридических лиц, индивидуальных предпринимателей;
…
Однако указанное правило необходимо толковать неразрывно с общим положением, согласно которому арбитражные суды рассматривают экономические споры.
По этой причине ВАС РФ еще в 2002 году уточнил, что указанные дела могут рассматриваться арбитражными судами только если речь идет о коммерческих организациях.
К компетенции судов общей юрисдикции относятся споры с любыми видами некоммерческих организаций: общественные объединения, политические партии, общественные фонды, религиозные объединения и др.
Источник: постановление Пленума ВАС РФ от 09.12.2002 №11